Исчезновение Харухи Судзумии

Глава клуба SOS Судзумия Харухи объявляет членам клуба, что Рождество они проведут в комнате клуба за ужином. Все участники приступают к приготовлениям. Через несколько дней по дороге в школу Кён замечает странности: его разговор с Танигути не складывается, тот внезапно заболел и не помнит вчерашнего разговора. В классе отсутствует Харухи, а Рёко Асакура ожила и сидит на её месте, общаясь с Кёном как ни в чём не бывало.

Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Нагато оказывается обычной девушкой и единственным членом литературного клуба. Выясняется, что ни клуба SOS, ни Харухи в этой школе никогда не существовало. Кёну предстоит разобраться в причинах произошедших изменений и найти способ вернуть всё на свои места.