Югио! Тёмная сторона измерений

Сето Кайба, одержимый желанием отомстить Королю Игр, начинает раскопки в Египте с целью найти фрагменты Головоломки Тысячелетия, в которой ранее обитал дух "теневого Юги". Однако фигура в плаще похищает два куска головоломки и исчезает до того, как её удаётся восстановить. Тем временем Юги Муто и его друзья, находясь на последнем году старшей школы, строят планы на будущее, не подозревая о надвигающейся угрозе.

События разворачиваются вокруг мстительных сил, искажающих реальность по своему усмотрению. Сето и Юги предстоит преодолеть разногласия, чтобы предотвратить катастрофу, однако личная жадность Кайбы может помешать этому. Исход противостояния зависит от того, смогут ли персонажи объединиться перед лицом общей опасности.